色譜分離柱在使用前，更好進行柱的性能測試，并將結果保存起來，作為今后評價柱性能變化的參考。但要注意：柱性能可能由于所使用的樣品、流動相、柱溫等條件的差異而有所不同；另外，在做柱性能測試時是按照色譜分離柱出廠報告中的條件進行(出廠測試所使用的條件是更佳條件)，只有這樣，測得的結果才有可比性。
有效的辦法是純化樣品。我們在多年的分析工作中發現，凡是樣品純化的越干凈，分離柱的壽命就越長；反之，只有提取沒有純化的樣品，分離柱柱效下降較快。建立一個理想的色譜分析方法應該有一套有效的樣品前處理方法，特別是在分析血漿和尿液樣品時，要特別注意樣品的提取與純化，盡量使處理過的樣品中雜質降到較低，保護柱頭和柱子。
提取純化好的樣品用流動相來溶解，一方面減少色譜圖中的溶劑峰干擾，另一方面也是檢查樣品在流動相中的溶解性，如果樣品進樣后在流動相中沉淀，會堵塞進樣器和柱頭，甚至樣品分解，出現怪峰。如果出現樣品與流動相不溶要設法改變溶解條件，如更換樣品溶劑，或改進處理樣品的方法，或過濾，去除不溶性物質。
在考慮色譜分離柱效時，需要特別注意以下幾個問題。
一、決定組分保留值的分配系數：分配系數K=溶質在固定相中的濃度/溶質在流動相中的濃度。K值小的組分在固定相中濃度小，所以容易隨流動相運動而較早出峰，反則反之。
二、決定組分保留值的分配比(容量因子)：容量因子=組分在固定相中的量/組分在流動相中的量。
三、選擇性因子α：即后出峰的組分的調整保留時間與先出峰的組分的調整保留時間的比值。
因為組分在色譜分離柱內移動時，會逐步產生擴散，不利于分離，影響色譜分離柱的分離效率，所以塔板數高者好。使用過程中，當塔板數降到一定程度時該柱就報廢了。
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