雙系統離子色譜儀通過將流動相以穩定的流速(或壓力)輸送到分析系統。在色譜柱之前，樣品將被引入樣品注射器。流動相將樣品帶入色譜柱，分離柱中的成分，然后與流動相一起依次流向檢測器。在抑制性離子色譜中，在電導檢測器前增加一個抑制系統，即使用另一個高壓注射泵將再生液輸送到抑制器。在抑制器中，降低流動相的背景電導率，然后將流出物引入電導率檢測單元，并將檢測到的信號發送到數據系統進行記錄、處理或保存。
雙系統離子色譜儀是高效液相色譜的一種，故又稱高效離子色譜(HPIC)或現代離子色譜，其有別于傳統離子交換色譜柱色譜的主要是樹脂具有很高的交聯度和較低的交換容量，進樣體積很小，用柱塞泵輸送淋洗液通常對淋出液進行在線自動連續電導檢測。
雙系統離子色譜儀的工作過程是:將流動相以穩定的流速(或壓力)輸送至分析體系,在色譜柱之前通過進樣器將樣品導入,流動相將樣品帶入色譜柱,在色譜柱中各組分被分離,并依次隨流動相流至檢測器,抑制型離子色譜則在電導檢測器之前增加一個抑制系統,即用另一個高壓將再生液輸送到抑制器,在抑制器中,流動相的背景電導被降低,然后將流出物導入電導檢測池,檢測到的信號送至數據系統記錄、處理或保存。
進樣分析有2點需要格外謹慎：
1.將閥打到“進樣”位置,用注射器各吸取1-2ml去離子水、樣品依次注入將定量環清洗3次。再吸取1ml樣品注入，迅速將閥打至“分析”位置，同時按動“啟動”按鈕采集信號或儀器開始自動采集信號，并分析樣品。
2.實驗完畢后，將泵關閉，將色譜柱卸下，兩端用柱接頭擰緊將其密封，放于儀器內保存。
廣泛應用于環境、電力、衛生、能源、農業、食品飲料、醫藥、檢驗、化學、工業、科研等領域。
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