雙系統離子色譜儀一般采用酸、堿及鹽的水溶液作為流動相，因此通常離子色譜采用非金屬材料作為整個系統材料，一般采用塑料作為泵體、流路和閥體等要求耐高壓的部分，而聚四氟乙烯材料作為檢測器，外接管路等，要求系統可以耐酸、耐堿，但一般情況下全塑的材料由于加工和強度方面的差異，耐壓強度和精度上比金屬材料要略低一些。而高效液相色譜由于一般采用有機溶劑作淋洗液，因此多數還是采用金屬泵體，可以耐任何類型的有機溶劑，但對于酸或堿的溶劑，使用易產生腐蝕現象。而隨著高效液相色譜在生物領域的廣泛應用，金屬對一些生物活性化合有一定的吸附作用，一些在生物方面應用高效液相色譜也廣泛采用了材料作為泵體、流路和閥，使雙系統離子色譜儀和高效液相色譜具有了一定的通用性。
目前雙系統離子色譜儀應用較多的是往復柱塞泵，只有低壓離子色譜采用蠕動泵，但蠕動泵所能承受的壓力太小，實際操作過程中會出現問題。
由于往復柱塞泵的柱塞往復運動頻率較高，所以對密封環的耐磨性及單向閥的剛性和精度要求都很高。密封環一般采用聚四氟乙烯添加劑材料制造，單向閥的球、閥座及柱塞則用人造寶石材料。
一般來說，雙柱塞流量更平穩，脈動小，但構造復雜，價格也比較高。
雙系統離子色譜儀采用不銹鋼或鈦合金材料，與液相色譜相比，離子色譜的泵體則采用全塑系統，從而對酸、堿、鹽有抗污染的性能，并保證了對金屬離子測定的準確性。
1.單柱塞泵
單柱塞泵的壓力和流量波動大。采取一些必要的措施如增加阻尼器，對凸輪形狀作特別設計以及利用的電子技術也可獲得滿意的結果。早期的離子色譜和一些簡易型離子色譜儀常采用單柱塞泵系統。
2.雙柱塞泵
雙柱塞泵即兩個泵頭并聯使用，凸輪相差180°，使壓力和流量波動減少。因此這種雙柱塞泵可以不加阻尼器直接進入分離系統，可以進行低壓梯度淋洗。如今大多數離子色譜儀均已經采用雙柱塞泵。
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