離子色譜儀的原理是通過將流動相以穩定的流速(或壓力)輸送到分析系統。在色譜柱之前，樣品將被引入樣品注射器。流動相將樣品帶入色譜柱，分離柱中的成分，然后與流動相一起依次流向檢測器。在抑制性離子色譜中，在電導檢測器前增加一個抑制系統，即使用另一個高壓注射泵將再生液輸送到抑制器。在抑制器中，降低流動相的背景電導率，然后將流出物引入電導率檢測單元，并將檢測到的信號發送到數據系統進行記錄、處理或保存。
離子色譜是一種高效液相色譜，也稱為高效離子色譜或現代離子色譜。與傳統的離子交換柱色譜不同，該樹脂交聯度高、交換容量低、進樣量小。當用柱塞泵輸送洗脫液時，通常要對洗脫液進行在線自動連續電導率檢測。
從水中常見糖類的pKa值可以看出，常見的單糖、二糖和糖醇的pKa值一般在L2-14之間，常見的糖醛酸和糖胺的pKa值小于7。當堿性溶液的酸堿度大于或等于L2時，大多數糖基化以陰離子的形式存在，因此陰離子交換色譜柱可作為洗脫液分離強堿性溶液。
由于糖分子結構的疏水部分，糖的分離機理不僅是陰離子交換，還有疏水吸附。碳水化合物在陰離子交換柱上的保留容量主要取決于其電荷數、分子大小、組成和結構。
安培檢測是一種檢測技術，它測量電化學活性物質在適當的外加電位下發生氧化或還原反應時電流的變化。糖的分離是在堿性條件下進行的，而金電極的檢測條件通常是堿性的。金電極表面可以為糖的電化學氧化提供反應環境。因此，金電極檢測與陰離子交換分離有很好的匹配。由于糖的氧化產物會覆蓋電極表面，造成不可逆的污染，因此需要選擇不同的外加電位對電極表面進行清洗和活化，使電極能夠連續工作，即脈沖安培檢測。
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